中新社昆明11月12日電 (記者 胡遠(yuǎn)航)旨在構(gòu)建全球現(xiàn)生約10500種鳥類基因組圖譜的“萬種鳥類基因組計(jì)劃”取得新進(jìn)展。研究團(tuán)隊(duì)已成功發(fā)表363種鳥類基因組數(shù)據(jù)，同時通過這一數(shù)據(jù)建立全新的無參考序列下多基因組比對和分析的新方法，并基于這一新方法闡明高密度物種取樣對生物多樣性研究的重要性。
這是記者12日從中國科學(xué)院昆明動物研究所獲悉的消息。當(dāng)日，該所研究員張國捷及其團(tuán)隊(duì)聯(lián)合深圳華大生命科學(xué)研究院、丹麥哥本哈根大學(xué)等多家機(jī)構(gòu)，在國際頂級期刊《Nature》上以封面形式同期發(fā)表兩篇文章，報(bào)道“萬種鳥類基因組計(jì)劃”第二階段科級別的最新研究成果。
據(jù)介紹，科研團(tuán)隊(duì)從現(xiàn)存鳥類的各個科級別中選取代表性鳥類物種，共計(jì)獲得363種鳥類的全基因組數(shù)據(jù)，覆蓋92%的科級別。其中267個物種的基因組數(shù)據(jù)為首次發(fā)布。項(xiàng)目所使用的樣品主要來源于全球多個博物館所保存的鳥類組織樣品，包括一些稀有和瀕危鳥類物種。
區(qū)別于傳統(tǒng)的比較基因組學(xué)分析依賴于某個基因組作為參考序列建立全基因組比對，研究團(tuán)隊(duì)建立全新的無參考序列下多基因組比對和分析方法。該方法極大地提高跨物種的比對效率，減少由于與參考物種遺傳距離差異引起的比對偏好和序列丟失。例如，363只鳥類基因組構(gòu)建的全基因組比對序列總長為981Mb，比之前以雞和斑胸草雀為參考基因組構(gòu)建的48只鳥類全基因組比對序列在長度上提升149%。
無參的全基因組比對數(shù)據(jù)集，為全面解析鳥類遺傳多樣性特征的演化歷程和分子遺傳機(jī)制提供全新的切入點(diǎn)。研究團(tuán)隊(duì)借助這一算法的優(yōu)勢，建立更加完善的同源基因集合，還開發(fā)一套鑒定任意演化分支特異獲得和丟失序列的方法，從而完整描繪出鳥類物種譜系基因組動態(tài)演化圖譜。
研究發(fā)現(xiàn)，這些動態(tài)變化的基因組區(qū)域往往存在一些分支特異基因或調(diào)控元件，可能與物種特異性狀的起源和演化有關(guān)。(完)